根據本所宗旨與發展方向，本所之課程目標如下：文學組提供台灣文學理論及研究方法訓練，以培養台灣文學研究人才，並開闊學生研究、教學或創作之宏觀視野；史學組以培育臺灣史學研究專才，並具備學術研究與社會實踐能力為目標。兩組師資相互支援，課程互通，期提供學生跨越領域、啟發潛能的課程與學習空間。

       本所以台灣文化為主，兼及台灣文史、電影與影像、民俗與歌謠等範疇，整合學術資源開設均衡性、多元性、前瞻性的課程規劃。台灣文化講堂、文化台灣卓越講座、文史台灣學術講座、《文史台灣》學報及咁子店電子學報所蓄積的學術文化能量，近年來更受到各界重視。

       本所將繼續秉持著培育台灣文學與歷史研究人才、提升學術水準的目標，深耕台灣文史知識、健全專業內涵，打造本所學術輿圖，為台灣文化研究培育專業人才，建構台灣文化主體性。