本所於2002年8月1日成立，係國內教育大學系統中第一所台灣文學研究所。草創初期，以培養台灣文學研究與教育人才為宗旨； 2006年8月1日，增設台灣文化教學碩士學位班(夜間)，以推動本土文化教育，提升國教師資素質；2007年8月1日，為促進台灣文史研究教學均衡發展，擴展台灣學，更名為台灣文化研究所，下設文學組及史地組，並延攬師資，強化研究、教學陣容。

    2009年8月1日，原史地組更名為史學組，朝向提升台灣文學與史學研究、教學、推廣的重點發展，並創辦《文史台灣學報》，建立學術交流平台，努力結合師資專長、學生學習興趣與社會實踐三者，期望建立兼具文史學養與社會實踐的學風。2015年8月1日，為擴大培養傳承與創新台灣文化的人才，將台灣文化教學碩士學位班(夜間)停招，並新增台灣文化研究所碩士在職專班。

本所教育目標：

一、培養台灣文學與史學研究人才，提升學術研究水準。

二、培養兼具台灣文史、語言教學能力之人才，強化中小學師資。

三、培養台灣文史專業學養，裨益儲備文教政策、產業與管理之專業人才。

四、培養台灣文史導覽及轉譯人才，提升台灣觀光及文化產業。